Dieses Thema steht in direkter Verbindung zu der/den im Haushalt lebenden Katze/n. Normalerweise ist der Reinigungsaufwand für einen Katzen-Kratzbaum sehr gering. Ein Absaugen oder Abwischen mit einem feuchten Tuch reichen völlig aus. Die Reinigungsintervalle hängen davon ab, wie das Fell der Samtpfoten beschaffen ist und was davon am Sisal oder an den Flächen aus Plüsch hängenbleibt.
Ein höherer Reinigungsaufwand kommt beispielsweise dann vor, wenn ein junges Kätzchen noch nicht ganz stubenrein ist oder völlig im spannenden Spiel versunken den rechtzeitigen Gang zur Katzentoilette versäumt. Oder die Katze erbricht sich plötzlich, sei es um ein durch das Putzen ihres Felles entstandenes Fellknäuel loszuwerden oder es sich um eine Erkrankung handelt. In diesen Fällen steht natürlich eine gründliche Reinigung an, wobei wieder das sensible Geruchsempfinden von Katzen zu berücksichtigen ist. Das schließt alle intensiv riechenden Reinigungsmittel (Essig, Zitrone etc.) aus. Selbstverständlich ist wohl, dass Reinigungsmittel mit möglicherweise für Katzen giftigen Stoffen absolut tabu sind. Sowohl geruchsneutral als auch ungiftig sind viele Shampoos und Waschmittel, die bedenkenlos benutzt werden können.
An manchen Kratzbäumen können einzelne Module abgenommen und gereinigt werden. Auch ‚Ersatzteile‘ werden für einige qualitativ hochwertige Kratzbäume zum Nachbestellen angeboten. Diese Option deutet übrigens keinen schnellen Verschleiß an, sondern im Gegenteil, dass es sich um einen besonders langlebigen Katzen-Kratzbaum handelt, an dem man Einzelteile austauschen kann, um bei einer Verunreinigung nicht gleich einen neuen kaufen muss.
Notfalls müssen Befestigungen, wie z. B. Klammern, entfernt werden, um den Stoff für eine Reinigung abzunehmen oder ihn gegebenenfalls zu erneuern. Bei dem Wiederanbringen ist darauf zu achten, dass Klammern etc. fest sitzen, damit sie keine Verletzungsrisiken für Katzen darstellen können.